/usr/local/bin/perl もしくは /usr/bin/perl どちらでもご利用いただけます。

お客様のディレクトリ内でしたらお好きなところに設置していただけます。
cgi-bin などcgi専用のディレクトリを作成する必要はありません。
※初期設定時に設置してあります.htaccessファイルは削除しないで下さい。削除されますとCGIが作動しなくなる恐れがあります。